Introducción: Mycoplasma genitalium es un patógeno de trasmisión sexual que se encuentra asociado a diferentes infecciones del tracto urogenital de mujeres y hombres. Hasta la actualidad han sido descritos aproximadamente 100 genotipos, basados en variaciones de simple nucleótido (SNP) en la secuencia del gen mgpB. Sin embargo, sedesconoce la presencia y distribución de los genotipos circulantes en la región de Latino-América. Objetivo: Genotipificar dos nuevos aislamientos cubanos de M. genitalium mediante la secuenciación del gen mgpB. Materiales y métodos: Se secuenció un fragmento de 281 pb del gen mgpB a partir del ADN genómico de dos aislamientos cubanos de M. genitalium denominados B3 y B12, obtenidos de pacientes con sintomatología urogenital y cultivados en células Vero. Se realizó el posterior análisis bioinformático para establecer las relaciones filogenéticas de estos aislados con los genotipos descritos internacionalmente. Resultados: Las secuencias obtenidas fueron útiles y permitieron un correcto análisis y comparación con los genotipos reportados. Ambos genotipos resultaron ser nuevos y nunca descritos a nivel internacional. El primer genotipo correspondió al aislamiento B3 proveniente de una mujer con cervicitis e infertilidad y mientras que el segundo genotipo B12 correspondió a un hombre con uretritis. Conclusiones: Los resultados obtenidos sugieren que los genotipos circulantes en la región, difieren a los reportados en otras regiones geográficas, lo que pudiese influir en aspectos epidemiológicos importantes relacionados a la trasmisión de dicho patógeno entre individuos sexualmente activos.